Vroege projecten zoals All problems can never be solved (2012) in de Modelwijk in Laken of het Zoological Institute for Recently Extinct Species (2013) zijn daar sprekende voorbeelden van. Hij begon zijn carrière in de podiumkunsten bij Scheld’Apen, d e t h e a t e r m a k e r en a.pass. Op Kunstenfestivaldesarts 2016 palmde hij met INFINI, een project dat tot op heden blijft groeien, de grote zaal van de Brusselse KVS in. Voor deze creatie, die geselecteerd werd voor het TheaterFestival 2017, vraagt hij denkers en kunstenaars welke beelden ze willen tonen het theater, om die vervolgens met zijn team te realiseren als enorme achterdoeken. Samen met Meg Stuart/Damaged Goods en dramaturg Jeroen Peeters werkte hij van 2017 tot 2019 aan het locatieproject Projecting [Space[. In 2019 maakte Wouters samen met Open Kunstenhuis Globe Aroma de voorstelling Underneath Which Rivers Flow, een geheime tuin vol wormgaten die leidt tot ongekende werelden. De voorstelling ging in première op Performatik en werd geselecteerd voor Het Theaterfestival. Dat jaar ging ook The Soft Layer in première op het Dream City festival in Tunis. Intussen wordt de tekst van The Soft Layer nog steeds opgevoerd op binnenplaatsen in diverse Europese steden, waaronder Brussel, Palermo en Gent. In 2023 maakte Jozef Wouters voor Toneelhuis en in coproductie met Wiener Festwochen en PACT Zollverein A Day is a Hundred Years.
Naast eigen werk creëerde Wouters scenografieën voor onder andere Meg Stuart/Damaged Goods, Thomas Bellinck, Benny Claessens, Radouan Mriziga and Benjamin Abel Meirhaeghe. Zijn boek Moments before the wind, een verzameling notities over scenografie die een inkijk bieden in zijn poëtica en artistieke praktijk, werd uitgegeven in september 2020 bij Varamo Press (ed. Jeroen Peeters).
Vanuit Decoratelier, een voortdurend evoluerend project in een voormalige fabriek in Molenbeek, initieert Wouters voorstellingen, festivals, residenties en uiteenlopende scenografische projecten – van tribunes tot nachtclubs, van een tijdelijke plek voor het sociaal restaurant Cassonade tot het openluchtzwembad FLOW. Zo groeit Decoratelier uit tot een architectuurbureau dat theater maakt en een theatergezelschap dat ruimtes vormgeeft.
Decoratelier werd in 2019 bekroond met de Vlaamse Cultuurprijs (Ultima) in de categorie podiumkunsten, en in 2024 geshortlist voor de European Prize for Contemporary Architecture - Mies van der Rohe Awards als een van vier Belgische projecten.
Sinds 2017 maakt Jozef Wouters deel uit van Meg Stuart/Damaged Goods. Hij is kunstenaar in residentie bij Kunstencentrum VIERNULVIER in de periode 2023-2027.